Κυριότερα θηλαστικά του νησιού αποτελούν ο ασβός (άρκαλος στα κρητικά), η νυφίτσα, η ζουρίδα (πετροκούναβο), ο σκαντζόχοιρος, η μυγαλή, ο μυωξός, διάφορα είδη ποντικών και αρουραίων και πολλά είδη νυχτερίδας.[2] Επίσης, τα νερά της Κρήτης φιλοξενούν μεγάλο αριθμό θαλάσσιων θηλαστικών, όπως φυσητήρες, φάλαινες, δελφίνια και μεσογειακές φώκιες.[3] Οι ουρανοί της Κρήτης φιλοξενούν ένα μεγάλο αριθμό αρπακτικών πτηνών, με κυριότερα τους απειλούμενους γυπαετούς και χρυσαετούς, καθώς και τον μεγαλύτερο αριθμό όρνεων στην Ευρώπη. Επίσης, οι ακτές του νησιού αποτελούν σημαντικό καταφύγιο για θαλάσσιες χελώνες καρέτα καρέτα ή δερματοχελώνες.

Εκτός από τα ζώα, υπάρχουν πολλά ενδημικά είδη φυτών, ακόμη και σε στενοενδημική μορφή, δηλαδή που βρίσκονται απομονωμένα σε περιορισμένες περιοχές, όπως η Μαλοτύρα (Siderites syrioca). Στην Κρήτη υπάρχουν εκατοντάδες είδη ορχιδέας, που αποτελούν πόλο έλξης για τους λάτρεις και τους ερευνητές των φυτών. Επίσης γνωστά είναι τα βότανα της Κρήτης, όπως ο δίκταμος και η κόκκινη τουλίπα, η οποία πλέον απαντάται σε πολλά μέρη